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14/12/21
A l’approche du variant omicron, la Guyane décuple ses capacités de séquençage

Le laboratoire Biosoleil a acquis un appareil de séquençage. A chaque opération, il permet de connaître la séquence génétique exacte de 280 échantillons positifs au Sars-CoV-2 en les comparant aux bases de données du monde entier. Il ouvre aussi de nouvelles perspectives en matière de diagnostic et d’adaptation des traitements, que ce soit pour les cancers, l’histoplasmose, le VIH… Il permet à la Guyane d’être autosuffisante et de pouvoir proposer son soutien au Suriname ou à l’Amapa. La machine a été inaugurée vendredi, en présence de Clara de Bort et Alexandre de la Volpilière, directrice générale et directeur général adjoint de l’ARS, qui l’a financée à hauteur de 30 %.

En février, lorsque le laboratoire Biosoleil avait acquis sa première machine de criblage, son directeur Marc Ledy s’était réjoui que la Guyane ait « gagné dix ans en biologie moléculaire ». Dix mois plus tard, c’est sans doute encore un bond de dix ans que vient de réaliser le territoire. Le même laboratoire vient d’inaugurer sa première machine de séquençage. La Guyane devient, après La Réunion, le deuxième département d’Outre-mer équipé d’un tel appareil. Avec des capacités dix fois supérieures à l’appareil Min-Ion de l’Institut Pasteur de Guyane, elle ouvre des perspectives inimaginables, bien au-delà du seul Covid-19.

Mais pour l’heure, l’actualité, c’est l’identification des variants du Sars-CoV-2 qui circule en Guyane. En grande majorité la lignée AY.43 du variant delta. Marc Ledy s’attend à voir apparaître un jour B.1.1.529, l’autre petit nom du variant omicron. Pour cela, le laboratoire isole tous les échantillons positifs des personnes qui se font dépister dans ses drives, ainsi que ceux que les autres laboratoires du territoire voudront bien lui confier. « On extrait l’ADN, on l’amplifie, on le purifie, explique Audrey Sagne, ingénieure en biologie moléculaire chez Biosoleil. Pour chaque patient, on essaie d’avoir la même quantité d’ADN. »

Un code barre génétique est collé à chaque séquence ADN, de façon à pouvoir identifier le patient auquel chaque séquence correspond. L’ensemble des séquences ADN des patients sont déposés sur une puce de la taille d’une carte SIM, et c’est elle qui sera analysée. Il faut compter douze heures, soit une nuit entière pour remplir la puce avec les séquences ADN des virus retrouvés chez les patients du laboratoire. Ensuite seulement, la puce est lue dans le séquenceur. L’ADN des échantillons guyanais seront comparés aux bases de données Gisaid et Pango. « L’ensemble de la manipulation prend trois jours », précise Audrey Sagne.

« Cela va nous permettre de connaître la carte d’identité des virus qui circulent en Guyane, poursuit le Dr Marc Ledy. C’est intéressant pour Biosoleil de développer ses capacités, on pourra répondre aux demandes des cliniciens mais c’est aussi intéressant pour l’ARS de savoir ce qui circule sur le territoire. » C’est la raison pour laquelle l’Agence Régionale de Santé a financé cette acquisition à hauteur de 50 000 euros, soit 30 % de sa valeur. « Ce sont des investissements peut-être plus importants que ce dont nous avons besoin actuellement mais le séquençage ADN, c’est un avenir très prometteur pour le diagnostic des cancers, pour déterminer les meilleurs traitements. Nous sommes très contents que l’Institut Pasteur se soit doté très rapidement mais il ne peut séquencer que de petites quantités. On n’aura plus besoin de faire une sélection des échantillons à séquencer. » Actuellement, en raison du risque d’arrivée du variant omicron sur le territoire (il a déjà été identifié au Brésil), il est demandé à tous les laboratoires de Guyane de faire séquencer les échantillons :

Des personnes immunodéprimées testées positives ;

Des cas confirmés issus d’un cluster qui pose question ;

Les personnes vaccinées testées positives ;

Les personnes de retour de voyage.

Avec les nouvelles capacités de Biosoleil, les laboratoires, publics ou privés, qui le souhaitent pourront conventionner avec lui pour leur séquençage.

« Le fait d’être autosuffisant est important pour la Guyane, d’autant que nous avons commencé des discussions, la semaine dernière, avec l’Amapa et le Suriname pour développer la recherche, poursuit Clara de Bort. Il y a beaucoup de pathogènes, sur le plateau des guyanes, que l’on ne connaît pas toujours bien. Nous voulons positionner la Guyane comme une plateforme de recherche pour mieux connaître ce qui circule sur le plateau des guyanes. »

« On pourra surveiller les pathogènes qui touchent le territoire, voir s’ils sont en capacité d’échapper aux traitements ou s’ils sont plus contagieux, détaille Marc Ledy. On pourra travailler avec les chercheurs, par exemple pour faire la philogénie du VIH ou étudier l’histoplasmose. En matière de cancers, on pourra étudier les mutations et utiliser le traitement le plus adapté, sans avoir à envoyer les biopsies en Métropole. » Un nouvel âge pour la Guyane.

Cet article est issu de la Lettre pro de l’Agence régionale de santé. Vous pouvez vous y abonner en remplissant le formulaire suivant : https://forms.sbc28.com/5a8bed50b85b5350ef1cd117/t13M7zUZQi2XMq5E3DdnhQ/0WQoeDwjRXqJblCpKbLDzA/form.html

The Biosoleil laboratory has acquired a sequencing device. With each operation, it allows to know the exact genetic sequence of 280 Sars-CoV-2 positive samples by comparing them to databases around the world. It also opens up new perspectives in terms of diagnosis and adaptation of treatments, whether for cancer, histoplasmosis, HIV ... It allows French Guiana to be self-sufficient and to be able to offer its support to Suriname or at Amapa. The machine was inaugurated on Friday, in the presence of Clara de Bort and Alexandre de la Volpilière, director general and deputy director general of the ARS, which financed it with 30%.

In February, when the Biosoleil laboratory acquired its first screening machine, its director Marc Ledy was delighted that French Guyana had "gained ten years in molecular biology". Ten months later, it is undoubtedly another ten-year leap that the territory has just made. The same laboratory has just inaugurated its first sequencing machine. French Guiana becomes, after Reunion, the second overseas department equipped with such a device. With capacities ten times greater than the Min-Ion device of the Institut Pasteur in French Guiana, it opens up unimaginable prospects, well beyond just Covid-19.

But for now, the news is the identification of variants of Sars-CoV-2 circulating in French Guiana. Mostly the AY.43 line of the delta variant. Marc Ledy expects one day to see B.1.1.529, the other small name for the omicron variant. To do this, the laboratory isolates all positive samples from people who are screened in its drives, as well as those that other laboratories in the territory will want to entrust to it. "We extract the DNA, we amplify it, we purify it," explains Audrey Sagne, molecular biology engineer at Biosoleil. For each patient, we try to have the same amount of DNA. "

A genetic bar code is glued to each DNA sequence, so as to be able to identify the patient to whom each sequence corresponds. All of the patient's DNA sequences are deposited on a chip the size of a SIM card, and it is this that will be analyzed. It takes twelve hours, or an entire night, to fill the chip with the DNA sequences of the viruses found in the patients in the laboratory. Only then is the chip read in the sequencer. DNA from Guyanese samples will be compared against Gisaid and Pango databases. "The whole manipulation takes three days," says Audrey Sagne.

"This will allow us to know the identity card of the viruses circulating in French Guyana," continues Dr Marc Ledy. It is interesting for Biosoleil to develop its capacities, we will be able to meet the demands of clinicians, but it is also interesting for the ARS to know what is circulating in the territory." This is the reason why the Regional Health Agency funded this acquisition to the tune of 50,000 euros, or 30% of its value. “These are perhaps more investments than what we need now, but DNA sequencing is a very promising future for cancer diagnostics, to determine the best treatments. We are very happy that the Institut Pasteur was equipped very quickly, but it can only sequence small quantities. You will no longer need to make a selection of samples to be sequenced." Currently, due to the risk of the omicron variant arriving on the territory (it has already been identified in Brazil), all laboratories in French Guiana are requested to have the samples sequenced :

Immunocompromised people who test positive;
Confirmed cases from a questionable cluster;
Vaccinated people who test positive;
People returning from their trip.

With the new capacities of Biosoleil, the laboratories, public or private, which wish it will be able to agree with it for their sequencing.

"Being self-sufficient is important for French Guiana, especially as we started discussions last week with Amapa and Suriname to develop research, de Bort continues. There are a lot of pathogens on the Guyana plateau that we don't always know well. We want to position French Guiana as a research platform to better understand what is circulating on the Guiana plateau. "

"We will be able to monitor the pathogens that affect the territory, see if they are able to escape treatment or if they are more contagious, explains Marc Ledy. We can work with researchers, for example to do the philogenesis of HIV or to study histoplasmosis. In terms of cancer, we can study the mutations and use the most suitable treatment, without having to send the biopsies to mainland France. " A new age for French Guiana.

This article is from the Professional Letter of the Regional Health Agency. You can subscribe to it by filling out the following form: https://forms.sbc28.com/5a8bed50b85b5350ef1cd117/t13M7zUZQi2XMq5E3DdnhQ/0WQoeDwjRXqJblCpKbLDzA/form.html