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23/06/21
Pourquoi le variant indien fait-il craindre une quatrième vague ?

L’Organisation mondiale de la santé prédit que le variant delta sera majoritaire dans le monde, d’ici peu, en raison de sa plus grande contagiosité. Dans l’Hexagone, il pourrait déjà représenter 10 % des contaminations. Compte tenu des liens de la Guyane avec le reste du monde, le risque est grand que, malgré les tests, des personnes arrivent ou reviennent en Guyane avec parce qu’elles étaient en période d’incubation au moment de leur voyage. Si ce variant touche principalement les jeunes et les non-vaccinés, les premières études montrent une efficacité très nette des vaccins, en particulier ceux à ARN messager comme celui utilisé en Guyane.

Le variant indien bientôt majoritaire dans le monde

La semaine dernière, l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) a annoncé que le variant indien serait bientôt majoritaire dans le monde. La raison : une transmissibilité encore accrue par rapport à des variants très transmissibles comme le variant anglais. Sur son blog Réalités biomédicales, le journaliste et scientifiques Marc Gozlan propose un panorama complet sur ce variant. Le graphique ci-dessous montre comment le variant delta (violet) a pris le pas sur le variant alpha (rose pâle) en moins de six semaines. Le changement de variant dominant est souvent très rapide. « En Guyane, en quatre semaines, le variant brésilien a expulsé la souche historique qui nous avait donné tant de difficultés toute l’année 2020 », souligne le Dr Cyril Rousseau, responsable de la cellule régionale de Santé publique France.

Comment le recherche-t-on en Guyane ?

Cela fait bientôt un mois que les laboratoires Eurofins et Biosoleil ont acquis de nouveau kit de criblage. Ceux-ci ciblent spécifiquement une mutation et deux absences de mutation propres au variant indien. La première recherchée est la mutation L452R. Le criblage présente l’intérêt d’être très rapide, beaucoup plus que le séquençage. « Quand on constate la présence de cette mutation dans nos échantillons, on sait que c’est du variant delta, confirme le Dr Marc Ledy, cogérant du laboratoire Biosoleil. Le séquençage est utile pour l’épidémiologie ou la philogénétique, mais il n’est pas nécessaire pour savoir que c’est ce variant. »

Deux premiers cas identifiés en Guyane

Deux premiers cas de mutation spécifique au variant indien ont été repérées en Guyane et communiqués par les laboratoires à Santé publique France. La première concerne une personne ayant séjourné à Paramaribo ; la seconde, une personne ayant séjourné au Mali. La première ne pourra pas être séquencée, en raison d’une charge virale trop faible. En revanche, à Paramaribo, les proches du patient guyanais ont été testés. Les échantillons positifs ont été envoyés aux Pays-Bas, pour séquençage. Les résultats devraient être connus d’ici deux à trois semaines. Le second échantillon repéré en Guyane est, pour sa part, séquencé à l’Institut Pasteur de Guyane. Le résultat est attendu cette semaine.

Pourquoi une quatrième vague est à redouter

Le variant delta a été identifié dans au moins 75 pays et s’apprête à être le variant principal à travers le monde. La Guyane ne devrait donc pas être épargnée, compte tenu de ses liens avec le reste du monde. Et ce, quelles que soient les mesures mises en place vis-à-vis des voyageurs. « La Guyane est très sujette à l’influence d’autres territoires, constate le Dr Rousseau. Le variant delta se répandant à travers toute l’Europe, c’est presque notre horizon prévisible, sous réserve de ce qui se passera dans l’Hexagone et en Europe d’ici à la fin août. Malgré les contrôles, malgré les tests, il arrive régulièrement que des personnes soient testées positives trois jours après leur retour en Guyane, parce qu’elles étaient en période d’incubation pendant le voyage. Le variant delta peut donc nous poser problème à la rentrée. Cela doit inciter à augmenter le niveau de vaccination. »

Des cas en Guadeloupe et une place non négligeable dans l’Hexagone

Dans l’Hexagone, l’enquête Flash – qui s’appuie sur des résultats de séquençage – de fin mai révélait la présence du variant indien dans 1 % des échantillons séquencés. Deux semaines plus tôt, c’était 0,2 %. Selon les résultats de criblage, entre 2 et 4 % des cas de Covid-19 dans l’Hexagone sont dus au variant delta. Selon des données non consolidées, cette proportion pourrait même avoir atteint 10 %. Il frappe des personnes jeunes et non vaccinées.

En Guadeloupe, deux premiers cas avaient été repérés, en avril, chez des voyageurs en transit. Aucune transmission n’avait été possible avant leur départ de l’île. La semaine dernière, l’Agence régionale de santé a annoncé six autres cas. « Ils sont tous issus d’un cluster en milieu familial élargi. Il s’agit de cas secondaires autochtones en contact avec un voyageur arrivé en Guadeloupe pour assister à des funérailles. Les mesures d’isolement avaient été appliquées dès connaissance de la positivité des tests. De ce fait la transmission de ce variant reste priori limitée sans notion de diffusion communautaire. »

L’importance de l’isolement et d’un second test

S’ils ont un motif impérieux ou en cas de levée de ces derniers, de nombreux Guyanais passeront les prochaines semaines dans l’Hexagone ou aux Antilles. Le risque est alors que, malgré la limitation des voyages, malgré les tests, une personne présentant un test négatif pour venir en Guyane ait contracté le variant et soit en période d’incubation au moment où elle prend l’avion. C’est pourquoi il sera primordial, notamment au retour de vacances, de respecter son isolement de sept jours à son arrivée en Guyane et d’effectuer un nouveau test à l’issue de cette période. Cela permettra de freiner au plus tôt la propagation du variant.

Davantage de contaminations chez les non-vaccinés

Le 10 juin, l’étude Zoe Covid, menée aux Royaume-Uni, a constaté que les cas avaient plus que doublé en une semaine, dans le pays (+110 %). Dans le détail, les auteurs ont constaté que cette hausse était plus marquée chez les personnes non-vaccinées (+ 114 %) que chez les personnes ayant reçu au moins leur première dose (+ 89 %). Surtout, le risque de contamination était chez les non-vaccinés huit fois supérieur aux vaccinés et trois fois supérieur aux personnes ayant reçu une dose :

1 cas quotidien pour 2 908 personnes chez les non-vaccinés ;
1 cas quotidien pour 7 091 personnes chez les personnes ayant reçu une dose ;
1 cas quotidien pour 22 455 personnes chez les personnes complètement vaccinées.

Les enfants davantage touchés

Une étude britannique constate que la diffusion de variant indien se fait surtout chez les jeunes. Dans l’Hexagone, les premières tendances sont identiques. Les 5-12 ans et les 18-24 ans sont cinq fois plus touchés que les plus de 65 ans. Fin mai, la prévalence du variant indien avait doublé chez les 5-49 ans par rapport à une précédente enquête menée fin avril. Et cette tranche d’âge était globalement deux fois et demie plus touchée que les plus de 50 ans. Les auteurs avancent deux hypothèses :

Des interactions plus nombreuses chez les jeunes : écoles ouvertes, relâchement du confinement ;
L’effet de la couverture vaccinale plus élevée chez les plus âgés.

Le vaccin très efficace, surtout après la deuxième dose

Les premiers résultats britanniques montrent que la vaccination réduit de 70 % le risque de forme grave après une injection et de 90 % après deux. « Les vaccins à ARN messager, comme celui utilisé en Guyane, sont très largement efficaces contre les variants. Les premières études montrent bien l’importance de la seconde dose. Cela semble encore plus vrai pour le variant delta que pour les autres. En Guyane, on constate une quasi-absence de personnes complètement vaccinées en réanimation », souligne le Dr Rousseau.

Cet article est issu de la Lettre pro de l’Agence régionale de santé. Vous pouvez vous y abonner en remplissant le formulaire suivant : https://forms.sbc28.com/5a8bed50b85b5350ef1cd117/t13M7zUZQi2XMq5E3DdnhQ/0WQoeDwjRXqJblCpKbLDzA/form.html

The World Health Organization predicts that the delta variant will be the majority in the world, soon, due to its greater contagiousness. In France, it could already represent 10% of contaminations. Given French Guiana's links with the rest of the world, there is a great risk that, despite testing, people will arrive or return to French Guiana with it because they were in an incubation period at the time of their trip. If this variant mainly affects young people and the unvaccinated, the first studies show a very clear effectiveness of vaccines, in particular those with messenger RNA like that used in French Guiana.

The Indian variant soon to be the majority in the world

Last week, the World Health Organization (WHO) announced that the Indian variant would soon be in the majority in the world. The reason: an even greater transmissibility compared to highly transmissible variants such as the English variant. On his blog Biomedical Realities, journalist and scientists Marc Gozlan offers a complete overview of this variant. The graph below shows how the delta variant (purple) overtook the alpha variant (pale pink) in less than six weeks. The change in dominant variant is often very rapid. "In French Guiana, in four weeks, the Brazilian variant expelled the historic strain that had given us so many difficulties throughout 2020," said Dr Cyril Rousseau, head of the regional unit of Public Health France.

How do you look for it in French Guiana?

It has been almost a month since the Eurofins and Biosoleil laboratories acquired new screening kits. These specifically target one mutation and two mutations specific to the Indian variant. The first sought is the L452R mutation. Screening has the advantage of being very fast, much faster than sequencing. "When we see the presence of this mutation in our samples, we know that it is the delta variant," confirms Dr. Marc Ledy, co-manager of the Biosoleil laboratory. Sequencing is useful for epidemiology or philogenetics, but it is not necessary to know that it is this variant. "

Two first cases identified in French Guiana

Two first cases of mutation specific to the Indian variant were identified in French Guiana and communicated by the laboratories to Public Health France. The first concerns a person who has stayed in Paramaribo; the second, a person who has stayed in Mali. The first cannot be sequenced because of too low a viral load. On the other hand, in Paramaribo, the relatives of the Guyanese patient were tested. The positive samples were sent to the Netherlands for sequencing. The results should be known within two to three weeks. The second sample found in French Guiana is, for its part, sequenced at the Institut Pasteur in French Guyana. The result is expected this week.

Why a fourth wave is to be feared

The delta variant has been identified in at least 75 countries and is poised to be the main variant worldwide. French Guiana should therefore not be spared, given its links with the rest of the world. And this, regardless of the measures put in place for travelers. "French Guiana is very subject to the influence of other territories, notes Dr Rousseau. With the delta variant spreading across Europe, that's almost our foreseeable horizon, subject to what will happen in France and Europe by the end of August. Despite the checks, despite the tests, it regularly happens that people test positive three days after their return to French Guiana, because they were in an incubation period during the trip. The delta variant can therefore pose a problem for us at the start of the school year. This should encourage an increase in the level of vaccination. "

Cases in Guadeloupe and a significant place in France

In France, the Flash survey - which is based on sequencing results - in late May revealed the presence of the Indian variant in 1% of samples sequenced. Two weeks earlier, it was 0.2%. According to screening results, between 2 and 4% of Covid-19 cases in France are due to the delta variant. According to unconsolidated data, this proportion could even have reached 10%. It strikes young and unvaccinated people.

In Guadeloupe, the first two cases were spotted in April among travelers in transit. No transmission had been possible before they left the island. Last week, the Regional Health Agency announced six more cases. “They all come from an extended family cluster. These are secondary indigenous cases in contact with a traveler who arrived in Guadeloupe to attend a funeral.

The isolation measures had been applied upon knowledge of the positivity of the tests. As a result, the transmission of this variant remains limited in principle without any notion of community dissemination. "

The importance of isolation and a second test

If they have a compelling reason or if they are lifted, many Guianese people will spend the next few weeks in France or the West Indies. The risk is then that, despite the travel restrictions, despite the tests, a person who tests negative to come to French Guiana has contracted the variant and is in an incubation period when they take the plane. This is why it will be essential, especially when returning from vacation, to respect his seven-day isolation on his arrival in French Guiana and to undergo a new test after this period. This will stop the spread of the variant as soon as possible.

More contamination in the unvaccinated

On June 10, the Zoe Covid study, conducted in the United Kingdom, found that cases had more than doubled in one week in the country (+10%). In detail, the authors found that this increase was more marked in non-vaccinated people (+ 114%) than in people who received at least their first dose (+ 89%). Above all, the risk of contamination was eight times higher in unvaccinated than vaccinated people and three times higher than in people who received a dose:

1 daily case per 2,908 people in the unvaccinated;
1 daily case per 7,091 people in people who received a dose;
1 daily case per 22,455 people in fully vaccinated people.

Children most affected

A British study finds that the distribution of the Indian variant is mainly among young people. In France, the first trends are identical. 5-12 year olds and 18-24 year olds are five times more affected than those over 65. At the end of May, the prevalence of the Indian variant had doubled among 5-49 year olds compared to a previous survey carried out at the end of April. And this age group was globally two and a half times more affected than those over 50. The authors put forward two hypotheses:

More interactions among young people: open schools, relaxation of confinement;
The effect of higher vaccination coverage in older people.

The vaccine very effective, especially after the second dose

The first British results show that vaccination reduces the risk of severe form by 70% after one injection and by 90% after two. “Messenger RNA vaccines, like the one used in French Guiana, are very effective against variants. Early studies clearly show the importance of the second dose. This seems even more true for the delta variant than for the others. In French Guiana, there is a virtual absence of people completely vaccinated in intensive care, ”underlines Dr Rousseau.

This article is from the Professional Letter of the Regional Health Agency. You can subscribe to it by filling out the following form: https://forms.sbc28.com/5a8bed50b85b5350ef1cd117/t13M7zUZQi2XMq5E3DdnhQ/0WQoeDwjRXqJblCpKbLDzA/form.html