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22/02/21
Biosoleil en mesure de cribler les prélèvements en Guyane

Le laboratoire s’est équipé d’un appareil de criblage. Il permettra de repérer très rapidement des variants parmi les échantillons positifs.

Cribler en Guyane un prélèvement positif au Covid-19, c’est désormais possible. Depuis vendredi, le laboratoire d’analyses médicales Biosoleil, à Cayenne est doté d’un appareil permettant de le faire. En deux heures à deux heures trente, le cribleur peut déterminer s’il y a des variants parmi les échantillons, et en particulier des variants préoccupants. Les échantillons concernés sont alors envoyés dans l’Hexagone pour séquençage, afin de déterminer s’il s’agit exactement du variant recherché ou s’il est un peu différent.

« Nous sommes heureux d’avoir pu l’acquérir car c’est difficile. Nous allons gagner une étape puisque, jusqu’à présent, on envoyait les échantillons dans l’Hexagone », se réjouit le Dr Marc Ledy, directeur de Biosoleil. En effet, un accord entre les laboratoires permet que tous les échantillons positifs de Guyane soient transmis au laboratoire Eurofins de Rémire-Montjoly, pour être ensuite expédiés pour criblage au laboratoire Biomnis, dans l’Hexagone. Le résultat est alors connu en quelques jours.

« Nous sommes très contents que vous ayez cet équipement, car désormais, tous les cas positifs de Biosoleil auront leur résultat de criblage, a souligné Clara de Bort, directrice générale de l’ARS, vendredi lors d’une visite au laboratoire. Il est très important de pouvoir surveiller les variants préoccupants. Si un de ces variants s’installe sur le territoire, nous ne sommes pas sûrs que l’immunité acquise en première et deuxième vague nous serve à quelque chose. On voit, dans de nombreux pays, mais aussi à Mayotte, qu’ils peuvent provoquer de nouvelles vagues très fortes et très rapides. Il est important de repousser le plus possible l’arrivée et l’installation des variants et de mettre à profit ce laps de temps pour vacciner. »

- « Nous avons gagné dix ans »

La machine acquise par le laboratoire Biosoleil permet de repérer des variants parmi les cas positifs de Covid-19, mais pas seulement. « Si de nouveaux variants préoccupants apparaissent, il y aura des mises à jour des kits de criblage pour les détecter », indique son directeur, Marc Ledy. Surtout, avec cet appareil, le laboratoire pourra « diagnostiquer davantage de maladies infectieuses et même des bactéries. En biologie moléculaire, nous avons gagné dix ans. »

- L’Institut Pasteur se prépare à séquencer

A Cayenne, l’Institut Pasteur espère recevoir cette semaine des réactifs pour pouvoir séquencer des échantillons positifs au Covid-19. L’institut était déjà doté d’un appareil, le Min-Ion. Un de ses personnels est allé se former à Paris et devait revenir ce week-end pour mettre en place la technique. « Dès que nous aurons les réactifs, cette semaine ou au plus tard la semaine prochaine, nous serons prêts pour séquencer. Nous pourrons alors connaître les souches qui circulent actuellement en Guyane », se réjouit Mirdad Kazanji, directeur de l’Institut Pasteur de Guyane.

L’appareil, « pas plus gros qu’un walk-man » selon Mirdad Kazanji, peut séquencer une dizaine d’échantillons par jour. Le virus circulant peu, l’Institut Pasteur envisage de séquencer tous les positifs ou au moins tous les positifs au criblage et ayant une charge virale élevée (ct < 28). « Tout dépendra de la stratégie que nous souhaiterons mettre en place. Nous allons profiter de cette accalmie pour nous équiper. Ensuite, nous souhaitons monter en puissance d’ici à mai, avec un appareil qui pourrait faire une cinquantaine de séquençages par jour. Ainsi, s’il y a une troisième vague en juin-juillet, nous pourrons séquencer en direct les cas positifs. »

L’Institut Pasteur n’est toutefois pas aveugle sur ce qui a circulé depuis le début de l’épidémie. « Nous avons fait séquencer une cinquantaine d’échantillons de la première vague et 118 de la seconde, dont 114 pour lesquels nous avons reçu les résultats. Nous avons donc un bon panorama de ce qui a circulé jusque-là. »

The laboratory is equipped with a screening device. It will make it possible to identify variants very quickly among the positive samples.

Screening a positive Covid-19 sample in French Guyana is now possible. Since Friday, the Biosoleil medical analysis laboratory in Cayenne has been equipped with a device to do so. Within two to two and a half hours the screen can determine if there are any variants among the samples, and in particular variants of concern. The affected samples are then sent to France for sequencing, to determine whether this is exactly the desired variant or whether it is a little different.

"We are glad we were able to acquire it because it is difficult. We are going to win a step since, until now, samples have been sent to France, " says Dr. Marc Ledy, director of Biosoleil. In fact, an agreement between the laboratories allows all positive samples from French Guiana to be sent to the Eurofins laboratory in Rémire-Montjoly, to be then sent for screening to the Biomnis laboratory, in France. The result is then known in a few days.

"We are very happy that you have this equipment, because from now on all positive cases of Biosoleil will have their screening result," said Clara de Bort, director general of ARS, on Friday during a visit to the laboratory. It is very important to be able to monitor the variants of concern. If one of these variants takes hold in the territory, we are not sure whether the immunity acquired in the first and second waves will do us any good. We see, in many countries, but also in Mayotte, that they can cause new very strong and very fast waves. It is important to delay the arrival and installation of variants as much as possible and to use this time to vaccinate. "

- "We have won ten years"

The machine acquired by the Biosoleil laboratory makes it possible to identify variants among positive cases of Covid-19, but not only. "If new worrying variants appear, there will be updates to the screening kits to detect them", indicates its director, Marc Ledy. Above all, with this device, the laboratory will be able to "diagnose more infectious diseases and even bacteria." In molecular biology, we have gained ten years. "

- The Institut Pasteur is preparing to sequence

In Cayenne, the Institut Pasteur hopes to receive reagents this week to be able to sequence samples positive for Covid-19. The institute already had a device, the Min-Ion. One of his staff went to train in Paris and was due to come back this weekend to set up the technique. “As soon as we have the reagents, this week or at the latest next week, we will be ready to sequence. We will then be able to find out which strains are currently circulating in French Guiana ", rejoices Mirdad Kazanji, director of the Institut Pasteur in French Guiana.

The device, "no bigger than a walk-man" according to Mirdad Kazanji, can sequence a dozen samples per day. As the virus does not circulate very much, the Institut Pasteur plans to sequence all the positives or at least all the positives on screening and having a high viral load (ct <28). “Everything will depend on the strategy we want to put in place. We will take advantage of this lull to equip ourselves. Next, we want to ramp up by May, with a device that could do around 50 sequencing a day. So, if there is a third wave in June-July, we can sequence positive cases live. "

However, the Institut Pasteur is not blind to what has circulated since the start of the epidemic. “We had about 50 samples from the first wave and 118 from the second sequenced, 114 of which we received the results. We therefore have a good overview of what has circulated so far. "